焦志新被警察前堵后追难以脱身，情急之中翻入酒会大宅的后花园里。陪同母亲来参加酒会的苏小雅碰巧看到焦志新奔逃而来，一把拽住他躲进了女盥洗室。在苏小雅的掩护下，焦志新得以逃脱。
焦志新的行为受到章少川的严厉批评，说他的刺杀行动差点给地下组织造成
巨大的损失。果然，第二天全城戒严进行大搜捕，章少川紧急安排将焦志新送出城去往解放区。
苏云轩好朋友的儿子史仲良一直在公司里给苏云轩当助手，他喜欢苏小雅并主动追求，小雅却觉得他们两人在一起并不合适。
林倩如得知周伯勋被刺的消息后赶到医院，以未婚妻的名义获得了看护周的权利，她还去教堂为周祈祷，希望周能脱离死亡线。在林倩如的精心护理下，周伯勋终于苏醒，但他看到林倩如时却让她马上离开，其后又再三拒绝林倩如的示爱，而林倩如只说等他痊愈后她就走。
苏云轩夫妻的关系越来越紧张，两人之间终于爆发了激烈的争吵，秀子一气之下决定独自回日本，两个女儿苦苦相求，苏云轩却并未阻拦。很快便传来了秀子所乘坐的客轮出事的消息，小雅在遇难者名单中见到了母亲的名字，悲痛欲绝。
侯天柱到医院看望周伯勋，告诉周伯勋将在报上刊登他不治身亡的消息，目的是让周改名换姓后能潜伏下来，周伯勋于是更名为冯秉堃。周伯勋突然向林倩如求爱，林倩如听了周伯勋的解释欣然接受。
佐藤以美国中央情报局远东分部少校谍报组长的面目返回北平，开了一家私人诊所，公开身份是牙医，东北人。
全国解放，已变身为医药贸易公司经理的周伯勋与林倩如在教堂举办了简单的婚礼。
苏云轩对秀子遭遇海难也感到十分意外，苏小雅大骂父亲太狠心并对他产生仇视，连苏小枫也觉得是父亲的错导致了母亲的死亡。
身着军服的焦志新回到北京，他报到的单位是北京市公安局侦查处，而章少川已是北京市公安局的副局长。
密令1949第4集剧情介绍章少川告诉焦志新，北京和平解放留下了大量残余敌特，为了保卫新生的红色政权，保卫首都的安全，除奸反特的任务十分艰巨。
焦志新回北京后到处寻找林倩如，但他一直未得到林的消息。一天，焦在穿行街道的人群中感觉到一张熟悉的脸，他一下子认出是周伯勋，待要追时发现周伯勋已经消失在人群中了。焦志新到公安局找章少川报告，碰上当年北平地下组织成员、现在已是公安局侦察科长的郑贤治，郑贤治说他肯定是看花眼了，周伯勋两年前已死。焦志新将信将疑。
苏小雅自从母亲死后与父亲的关系就变得十分紧张，她始终不肯原谅父亲对母亲的冷淡和粗暴，甚至认为母亲是被父亲逼死的。苏云轩努力想弥补与大女儿的关系但收效甚微。
史仲良对苏小雅提起两人的婚事，说只要小雅同意，他可以为她做任何事。小雅说她要等到母亲周年祭日后才会考虑，史仲良劝小雅与父亲和解。
佐藤威胁郑贤治为美国中央情报局做事否则就揭发他国民党特务的身份，郑贤治被迫答应。
公安局刑侦处在原国民党108师稽查处所在的小楼办公，一天，刑侦处一名干部在值班时被人暗杀。敌人半夜到此地干什么?焦志新怀疑这是108师隐藏下来的特务所为，章少川从内线得到消息说“x计划”的图纸就藏在小楼中，而敌人就是为取图纸而来。
侯天柱派冯秉堃去香港取电台，由于时间紧迫，冯秉堃未能与林倩如联系上。雨夜的冯家，冯秉堃未归也没有任何消息，林倩如心中焦急万分。
电闪雷鸣中，一个黑影潜入了刑侦处小楼。
