张居正毅然下令逮捕王九思，救下方老汉的女儿玉娘。但此事激怒隆庆皇帝，指示高拱要将王九思释放，高拱耍滑头，要张居正处置。张感到处处受制，难以施展抱负，遂萌退意。就在他来到午门前准备上书辞官时，冯保出现在他面前，将他痛斥一番，并拿出当年张居正的奏本《陈六事疏》，打消张居正辞官的念头。
张居正迫于无奈，从大牢里放出王九思。此事引起玉娘的极度不满。玉娘自己女扮男装前往王大真人府复仇，反被王九思抓住。
由于孟冲将奴儿花花的小厮客用扮成小太监留在宫内过夜，被太子朱翊钧发现报告给李贵妃。宫内斗争又骤然紧张起来。
万历首辅张居正第6集剧情介绍为了在内廷斗争中抢占先机，孟冲意欲诬陷李贵妃，深夜将奴儿花花骗出游艺廊，并将她推入御花园水井淹死。
因奴儿花花之死，隆庆皇帝一怒之下，竟一命呜呼。他的死，使宫廷争斗更加白热化。
高拱、冯保与张居正同时被任命为顾命大臣，辅助太子朱翊钧登基。三人临危受命之后，都分头指示自己手下抓捕王九思，谁知王九思早已逃走，三人手下都扑空。
万历首辅张居正第7集剧情介绍妖道王九思溜出真人府，前往秘密居住地，欲对禁锢在这里的玉娘非礼，王篆适时赶来。抓住王九思救下玉娘。
在高拱等大臣的劝说下，十一岁的太子朱翊钧登上帝位，是为万历皇帝。
新皇上登基后，在两宫太后的主持下，将司礼监掌印太监孟冲撤换，而让冯保接任。中旨传到内阁，高拱雷霆大怒，当即召聚六科言官商议弹劾冯保。
冯保亦想趁机扳倒高拱，听说张居政抓到王九思后，双方都逼着张居正把人交出来。都想借王九思扳倒对方。一时间，复杂而尖锐的斗争在三个人之间展开。
万历首辅张居正第8集剧情介绍由张居正主持的谳审王九思的大案开始，王九思按冯保事先布置的口供，一口咬定自己是受高拱命令为皇上炼制丹药。张居正即时停审，并跑到天寿山视察隆庆皇帝的陵寝工程。
在天寿山中，张居正见到阔别二十多年的朋友何心隐，两人秉烛夜谈如何拨乱反正，救亡图存。
王纂依冯保之意，赶往天寿山与张居正会面。
