偷换祖宗和杀鞋匠的消息传于内宫，马秀英深感不安，一面派人安抚司马家人，一面设法安排了保护鞋匠安全的种种措施。
胡惟庸指使太监酒中下毒，借做凤鞋喝毒酒，马秀英设妙计，鞋匠死里逃生，阴差阳差太监自食其果。胡惟庸以太监之死嫁祸马秀英的丫环春兰、冬梅，朱元璋盛怒之下将二女打入死牢。马秀英怒斥奸臣撺掇皇帝滥杀无辜，帝后两人因此反目。
鞋匠之事闹的满城风雨，马秀英佯装病体，躲在被窝自缠大脚，乘朱看望之际佯哭佯诉谎怨天足连累鞋匠及丫环，朱元璋理亏，亲自为其解开裹脚布劝慰不已。并赦免鞋匠放出丫环。
马皇后枕边进言，借梦说理，击败朱元璋身边小人谗言，使朱元璋避免了乱认祖宗而贻笑天下的荒唐之事。 春节将至，马秀英为使朱元璋体恤民情，两人着便装入市井与民同歌共舞，并下令春节以大红春联替代桃符，京城上下一片红火。
大脚马皇后第5集剧情介绍李彬欲霸占吴玉娇，不料皇帝登基大赦天下，胡大鹏借机救出玉娇带回家中，因与之一见钟情，所以求父同意收留，胡惟庸见玉娇色艺双绝，日后定有用处，遂与玉娇以亲侄女相称，而玉娇则另有复仇所图。李彬上门索要玉娇，胡惟庸巧言相拒。
登基大典，人山人海，百姓欢呼雀跃，平民出身的马皇后向众人一展天足，令百姓争相传颂，秋菊混在人群中，伺机刺杀龙椅上的朱元璋未果。
朱元璋微服私访来到酒肆，遭到张士诚幕僚施耐庵及店小二的戏弄，朱元璋强忍怒火，因不以暴露身份只能忍受，借出对子责怪酒肆，施耐庵的应对使朱元璋大为折服。当店小二得知和自己闲扯的来客竟是皇上时，吓得跌坐在地上。
朱元璋对店小二议论皇后耿耿于怀，欲杀店小二，马皇后极力阻止，并劝其将施耐庵召入朝做官。翌日朱元璋下旨召施而庵入朝，施耐庵却消然而去。
民间邪教善友会蛊惑视听，善男善女争相入教，短时间内善友会已成气候。
大脚马皇后第6集剧情介绍胡大鹏、吴玉娇郎情妾意正宽衣解带欲成好事，胡惟庸闯来怒斥儿子，声言要留着玉娇派大用场。
善友会邪教愈演愈烈，短时间内信徒已达百万之众，马皇后预感其势汹涌不可低估，紧急呼呈如不制止必将酿成大祸。胡大鹏命善友会小头目田德仓夜访胡惟庸，谎说自己深谙阴阳风水，称胡本是星宿下凡，并出示家书，很有成篡位夺国乃天意所归。
民妇打扮的马皇后路见民女司马慧珠持刀追杀父亲。马皇后廷身而出，险些挨了刀伤。后经调查，司马慧珠乃是司马立德之妹，此女因入善友会中毒太深，视其父为妖孽。
皇后遇险是随行丫环保护不利，朱元璋下令杀掉春兰。马皇后极力劝阻，可还是罚打五十大板。马皇后又施巧计，使春兰免受皮肉之苦。
在胡惟庸挑拨下，丞相李善长与刘伯温意见相左。刘伯温认为邪教不可任其发展，而李善长则说民间帮会无碍江山。朱元璋令胡惟庸调查此事。
