王纂向张居正传达冯保之意，希望张居正回京城并合力搬倒高拱。
而在京城，高拱已议定弹劾冯保的奏章，言官们敲响登闻鼓递进奏疏。高拱的心腹大臣魏廷山等害怕冯保与张居正结盟，一齐跪到张大学士府，要求会见称病不出的张居正。
弹劾冯保的奏章送进大内之后，百官等待消息。第二天，新皇上突然取消早朝，而让太监在会极门宣布，撤去高拱首辅职务，即刻出京不得停留。张居正继任首辅职务。
张居正、冯保上任后，李贵妃和陈皇后共同晋升为太后。
万历首辅张居正第10集剧情介绍就在高拱仓惶出京之际，冯保仍想借王九思一案将高拱致于死地。朝中一些大臣闻讯，纷纷找到张居正替高拱求情。张居正有心保护高拱，却又不能得罪冯保，正在苦想对策时，王篆又来禀报，玉娘一心想皈依佛门，已送往观音庵。
张居正指使王篆给王九思下药，让其变成哑巴，开堂谳审之日，王九思无法指控高拱，一场危机化解，王九思被绑赴刑场斩首。
广西方面，殷正茂剿匪胜利，张居正建议让殷正茂亲来北京献俘。
万历首辅张居正第11集剧情介绍朝廷局面刚刚好转，但新任户部尚书王国光告诉张居正国库告罄。万般无奈，张居正只好用胡椒苏木折俸解决两京官员的月薪。
在储济仓发放胡椒苏木时，乾清宫太监邱得用的外甥章大郎带头闹事，与户部观政金学曾发生冲突，储济仓大使王菘被章大郎失手打死。
巡城御史王篆按张居正的吩咐，设计逮捕了章大郎。
万历首辅张居正第12集剧情介绍但胡椒苏木的风波仍在扩大，许多官员有怨气，特别是老国丈李伟和老附马爷许从成两人，更是寻衅闹事，李伟还嚷着要将花园改成菜地以要挟皇上。
邱得用对张居正更是怀恨在心，为了实施报复和营救章大郎，他一面讨好冯保，一面又与寥公公计议，秘密诱拐玉娘。
玉娘被拐入“侍翠楼”妓院，锁在后院。鸨母夏婆为巴结巡警铺档头将二旺，竟把他放在玉娘房间。玉娘拼死抵抗，适逢王篆率兵巡查，侦得此事，再次将玉娘解救。
