这些神秘的水晶头骨共有13个，科学家们发现，当有光束照在这些头骨上时，隐藏在基底的棱镜和眼窝里用手工琢磨的透镜片组合在一起，能产生一系列光学变化，它们所发出的炫目光束，有一种催眠般的魔力，会让人出现幻觉、幻听等现象。
这种让人产生幻觉的小把戏，或就是玛雅水晶头骨诅咒的真相。但是仍有一些相信水晶头骨拥有神秘的力量，能够帮助人们解开宇宙之谜，甚至可以预言未来。
曾经研究水晶头骨长达6年之久的水晶专家富兰克.多兰德先生说，他在与水晶头骨共处时，能听到一种”非常安静又引人注意，像是从高音大钟发出”的声音，还能从水晶头骨上看到”山峦、庙宇”等图像。更有人在抚摸过水晶头骨后，发现自己身上的疾病居然奇迹般地治愈了，种种神奇的现象实在让人无法理解。近代光学产生于17世纪，古代玛雅人不可能会运用。所有集中在水晶头骨上的谜团都让人匪夷所思，于是一些崇尚神秘主义的人们干脆把它归之为是天外来客的杰作。而当他们即将离开之前，又把水晶头骨作为礼物送给了玛雅人，之后，玛雅人就把它一直保存在金字塔里直到被安娜所发现。
对于这种说法，科学家们无从考证，但当科学不能对一些神秘现象做出合理解释时，这种推测反而更容易让人接受，或许它真是外星人的杰作呢。
而水晶头骨中最神秘的米歇尔黑吉斯水晶头骨更是聚集了种种神秘现象和不解之谜。但实际上，这颗头骨并不是第一个也不是唯一一个被发现的头骨。到目前为止，世界上总共发现了大约十几颗水晶头骨，其中有3颗保存在博物馆或研究机构内，其余都被私人收藏。而且，这十几颗水晶头骨也不全是玛雅人的遗物。但是在所有的这些头骨中，米歇尔.黑吉斯头骨无疑是纯度最高、最完美也最神奇的一个。
也许正因为这颗头骨太完美了，以至于遭到了人类的妒嫉，让人怀疑起它的真实来历。尤其是这个水晶头骨的具体出土时间，安娜本人竟有不同的说法。
她在 1962年接受采访时说，水晶头骨是在30年代末，由她的父亲在一次挖掘玛雅遗址的时候发现的;1968年，她给一个研究水晶头骨的专家写信时又说头骨是在1926年发现的;1982年，她回答学者尼克尔的询问时，又变成是1924年;在1995年出版的《水晶头骨之谜》里面，又说水晶头骨是在安娜17岁生日那一天发现的。这些，都不得不让人怀疑米歇尔.黑吉斯水晶头骨的真实来历。
科学家们认为，水晶是一种神奇的东西，很容易令人着迷，另外，头骨也很容易让人联想到死神和死亡，用水晶来雕刻头骨，这种催眠的作用一下子就加倍了，所以容易受到暗示的人就会被它催眠，产生幻听、幻觉。一起震惊考古界的事件发生了:英国大英博物馆的墨西哥古阿兹特克人的水晶头骨被科学家正式鉴定为是赝品，考古界为之哗然。
与此同时，人们对米歇尔.黑吉斯头骨也提出全面质疑。这两颗头骨虽然来源不同，但总体形状却非常相似，而且都是以一具女性头骨为模型，不同的是，大英博物馆的头骨是一整块水晶，而米歇尔.黑吉斯头骨的下颌则是独立的，可以拆下，做工更为精致，但是两颗头骨的惊人相似，让人很难相信它们是独立制作的。
英国大英博物馆所珍藏的那块水晶头骨，最早据称是在墨西哥古阿兹特克人遗址上被发现的。而科学家发现这个水晶头骨是用轮式工具打磨并且切割的，而这种技术在当时的美洲大陆根本就不存在。毫无疑问，现在人们更有理由怀疑米歇尔.黑吉斯水晶头骨的真实性了。
有一部分科学家倾向于它不是玛雅人的遗物，而是19世纪现代人的产物。但是，这种百分之百纯净透明的水晶，就算它不是一件文物，其价值也无法估量。谁会用它来制作一件冒充文物呢?如今，安娜已经拒绝对水晶头骨再做任何科学鉴定，因此，它究竟是不是现代人制作的赝品，科学家们还不能论断。
这些传说目前都没有得到证实，因为迄今为止仍没有人能够集齐13个水晶头骨。也可能这些头骨真的是人造的，根本就没有13个。
